朱棣迁都北平以后，应天的皇宫就这样空了出来。但并没有完全荒废，而是改为由皇族和内侍进行管理。
到了仁宗朝，他一度想过要再迁回南京，并且令皇太子朱瞻基居守应天。
这个时期，朱瞻基就是住在皇宫之内的。
不过仁宗登基只有十月便即驾崩，迁都这等大事是来不及做了。
当时他驾崩的突然，朱瞻基匆匆从应天赶回北平。这才有朱高煦要在半路拦截他的故事。
到宣宗朱瞻基登基以后，他仍然对应天皇宫的部分宫殿进行修葺。
但自他以后，这里就渐渐被淡忘，再没有修葺或是其他的什么人来住，最多就是几个太监负责平日的打扫，而且数次的火灾还让许多宫殿损坏严重。
从那时起，到今天，等了这么许多年，正德十年这座几乎无人问津的皇宫终于又有天子造访，城内百姓对此颇为热烈，家家户户都等着一观龙撵。
最里面的皇宫也早已做好了准备。
因为平时一直有人打扫，所以基本上还是干净的。