自弘治十二年始，由皇太子主持，亲自对马政的官员系统进行梳理，也重新政整治了全国的官牧马场。
在京师，他支持太仆寺卿梁储对行政机构进行改革，太仆寺统管全国官牧马场，包括养马、调度、输军等等各个流程，也不再分设各监，而以‘司’来进行条线管理。地方则设行太仆寺，直接向中央的太仆寺负责。
在地方，他则支持杨一清全面整顿陕西各处官牧马场。
春月草长，纵马于苑。迨冬草枯，则收饲之。至弘治十七年，
陕西马政在杨一清的治理下已经焕然一新，他自己上疏：臣遍历其地，酌定三等，开城、安宁为上苑，岁马可二万匹；广宁、万安为中苑，岁可八千匹；清平、黑水为下苑，岁可四千匹。
朱厚照还记得呢，弘治十二年时，陕西马场只有两千多匹马……
除此之外，苑马场也在增加，今年就在平凉府新建了一处安定苑，也是可以岁马两万匹的上苑。
数字的确是漂亮了一点，
其实历史上，杨一清就是署理陕西马政非常得力，永乐年间全国有96苑官牧马场，至明末时只余9苑……从陕西来看，永乐时设有24苑官牧马场，弘治时只余6苑，加上今年新增设的，7苑……
这么惨烈的数据背后，在弘治后期到正德初期，杨一清署理马政期间，马政的情况竟然大有改善。